แผนกศัลยกรรมได้มีการปรับเปลี่ยนชื่อเป็นกองศัลยกรรม และเริ่มมีการแบ่งหน่วยงานศัลยกรรมเฉพาะทางออกเป็นแผนกต่าง ๆ ได้แก่ แผนกศัลยกรรมทั่วไปและทรวงอก, แผนกศัลยกรรมกระดูก, แผนกระงับความรู้สึก, แผนกศัลยกรรมระบบปัสสาวะ, แผนกศัลยกรรมตกแต่ง, แผนกศัลยกรรมเด็ก, แผนกศัลยกรรมประสาท, แผนกศัลยกรรมช่องท้อง, แผนกตาหูคอจมูก และแผนกศัลยกรรมหัวใจ

กองศัลยกรรมได้รับอนุมัติให้เป็นสถาบันฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านสาขาศัลยศาสตร์ของแพทยสภา และในปี 2528 โรงพยาบาลวชิรพยาบาลเป็นฐานในการเรียนการสอนด้านคลินิก ให้กับคณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ โดยกองศัลยกรรมได้ร่วมจัดการเรียนการสอนวิชาศัลยศาสตร์สำหรับนิสิตแพทย์ชั้นปีที่4 คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒด้วย

มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒเมื่อปี พ.ศ.2531 โดยกองศัลยกรรมทำหน้าที่เป็นภาควิชาศัลยศาสตร์ของคณะแพทยศาสตร์

ได้รับอนุมัติให้จัดตั้งวิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานคร แยกออกจากวชิรพยาบาล โดยมติคณะกรรมการข้าราชการกรุงเทพมหานคร โดยให้เป็นส่วนราชการในสังกัดสำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร และเป็นสถาบันสมทบของมหาวิทยาลัยมหิดล ตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย ต่อมาในปี 2541 ได้มีการกำหนดให้วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานคร รวมกับ วชิรพยาบาล ใช้ชื่อว่า “วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานคร และวชิรพยาบาล” กลุ่มงานศัลยกรรมจึงได้รับการปรับเป็นภาควิชาศัลยศาสตร์

คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาลได้เป็นคณะหนึ่งของมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช (ชื่อเดิม มหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร) หลังจาก กรุงเทพมหานครได้จัดตั้งมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช (ชื่อเดิม มหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร) เพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช เนื่องในวโรกาสงานฉลองสิริราชสมบัติครบ 60 ปี ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร พ.ศ. 2553 เมื่อวันที่ 13 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553 เป็นสถาบันการศึกษาระดับอุดมศึกษาที่เป็นหน่วยงานของรัฐอยู่ในกำกับของกรุงเทพมหานคร มีฐานะเป็นนิติบุคคล เป็นสถาบันอุดมศึกษาท้องถิ่นแห่งแรกของประเทศไทย ได้รับพระราชทานนามว่า “มหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช” เมื่อวันที่ 20 มิถุนายน พ.ศ. 2556 ซึ่งเป็นมหาวิทยาลัยแห่งสุดท้าย ที่พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม พระราชทานชื่อมหาวิทยาลัย ปัจจุบันมีศาสตราจารย์สุรพล นิติไกรพจน์ เป็นนายกสภามหาวิทยาลัย และรองศาสตราจารย์นายแพทย์อนันต์ มโนมัยพิบูลย์ เป็นอธิการบดีนับจากนั้นถึงวันนี้ คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล มีความมุ่งมั่นพัฒนาไปสู่สถาบันแพทยศาสตร์ ที่ทรงคุณค่า และเป็นผู้นำด้านเวชศาสตร์เขตเมือง มุ่งเน้น ผลิตแพทย์ ตลอดจนบุคลากรทางการแพทย์ เพื่อรับใช้ปวงชนชาวไทย ให้ได้รับการรักษาพยาบาลที่ดี มีคุณภาพ และมีคุณภาพชีวิตความเป็นอยู่ที่ดีขึ้นอย่างยั่งยืน